（1）防渗结构无抗滑稳定问题。由于芯膜位于大坝中央部位，尽管芯膜与坝体填筑材料间的界面为抗滑稳定的薄弱面，但其位置基本不涉及坝坡可能失稳的滑裂面，所以，与面膜防渗结构相比，芯膜防渗结构与坝体填筑材料之间无抗滑稳定问题。
（2）大坝运行中芯膜局部集中变形问题不突出。施工过程中，芯膜随坝体填筑材料同步上升，同时随着坝体的沉降而变形，由于芯膜布置呈Z形，对坝体沉降相对较易适应；蓄水运行后，坝体中央部位向下游的位移较小，芯膜随坝体位移发生的变形也很小。
（3）施工干扰大。由于芯膜随坝体填筑同步上升，在芯膜两侧的填筑材料也只能依次分别填筑，同时芯膜还需完成沿坝轴线方向的拼接以及沿高度方向的拼接，不同材料、不同工艺的作业相互干扰，与面膜防渗结构施工相比，施工速度低得多。
（4）运行维护困难。由于芯膜防渗结构位于大坝中央，若运行过程中发现芯膜防渗结构漏水，采用修补和置换防渗膜的措施难以实现，只能采用其他加固措施。
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